Resolví el problema... Toni tenía una buena sugerencia (¡pero cancelar el registro del controlador significaba que cuando la aplicación se recargaba, el controlador ya no estaba disponible!).
En nuestro caso, accidentalmente incluimos ojdbc6.jar con nuestra aplicación web Y en el directorio Tomcat/lib. Presuntamente, esto hizo que Tomcat usara nuestro cargador de clases para crear objetos. Por lo tanto, cuando nuestra aplicación se estaba descargando, el grupo DBCP de Tomcat todavía tenía identificadores abiertos para las clases en nuestra aplicación.
Eliminar ojdbc6.jar de nuestro WEB-INF/lib resolvió el problema.
