Resolví esto creando manualmente secuencias como parte de mi script de prueba. No es ideal, ya que preferiría que la combinación Spring/HSQL configurara esto. Mi código es:
for (String sequence : sequences) {
entityManager.createNativeQuery("DROP SEQUENCE " + sequence + " IF EXISTS").executeUpdate();
entityManager.createNativeQuery("CREATE SEQUENCE " + sequence + " as INTEGER").executeUpdate();
}
donde secuencias es una lista de cadenas que son el nombre de la secuencia.
Usé este es el método @BeforeClass para cada clase de prueba. No es ideal pero resuelve el problema