Secuencia de actualización para una condición específica - Oracle

¿Por qué no usar simplemente substr()? ?

select t.*, to_number(substr(element_id, 3, 2)) as my_seq
from t;

Un segundo enfoque es usar dense_rank() :

select t.*,
       dense_rank() over (partition by u_a_id order by substr(element_id, 1, 4)) as my_seq
from t;

Puedes usar merge si realmente desea actualizar los datos:

merge into t using
      (select t.*,
              dense_rank() over (partition by u_a_id order by substr(element_id, 1, 4)) as new_my_seq
       from t
      ) s
      on s.u_a_id = t.u_a_id and s.element_id = st.element_id
when matched then update
    set t.my_seq = s.new_my_seq;