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¿Cuándo debería usar los procedimientos almacenados de Java con una base de datos Oracle ... cuáles son los inconvenientes?

En el mundo de Oracle, el orden general de desarrollo debería ser:

Siempre que sea posible, hágalo únicamente con SQL. Si necesita más que SQL, hágalo con PL/SQL. Si necesita algo que PL/SQL no puede hacer, entonces use Java. Si todo lo demás falla, use C. Si no puede hazlo con C, alejate lentamente del problema....

Los procedimientos almacenados PL/SQL son una forma excelente de trasladar la lógica empresarial a una capa a la que podrá acceder cualquier tecnología de integración. La lógica empresarial en un paquete (no escriba funciones y procedimientos independientes; crecerán con el tiempo de una manera inmanejable) se puede ejecutar mediante Java, C#, PL/SQL, ODBC, etc.

PL/SQL es la forma más rápida de distribuir grandes cantidades de datos fuera de SQL puro. Las funciones de "enlace masivo" significan que funciona muy bien con el motor SQL.

Los procedimientos almacenados de Java son mejores para crear funcionalidades que interactúan con la red o el sistema operativo. Los ejemplos serían, enviar correos electrónicos, enviar datos por FTP, enviar archivos de texto y comprimirlos, ejecutar líneas de comando del host en general.

Nunca he tenido que codificar ningún C cuando trabajo con Oracle, pero presumiblemente podría usarse para integrarse con aplicaciones heredadas.