([^,]+)(,[ ]*\1)+
Prueba esto. Esto funciona. Ver demostración.
http://regex101.com/r/yG7zB9/8
El problema fue VA - HRD 1, VA - HRD 1
^ ^
El espacio aquí. No estabas teniendo esto en cuenta ya que la primera coincidencia no tiene espacio detrás. Así que inlcde [ ]* o \s* para que acepte.
