Si he leído su código correctamente, lo que busca es una sola instrucción MERGE que pueda ejecutar en la base de datos. No sé PHP, así que no puedo darte cómo se debe llamar, pero puedo darte la instrucción SQL para ejecutar:
MERGE INTO mep_tbl_output_details tgt
USING (SELECT mtm.modelid,
mtm.model_name,
mtmc.configurationid,
mtmc.date_code,
mtmc.read_row_after,
mtmc.create_from_format,
mtmc.ip_address,
mtmc.status,
mtmc.ts_code
FROM mep_tbl_model mtm
INNER JOIN mep_tbl_model_configuration mtmc ON mtm.modelid = mtmc.modelid_fk
WHERE mtm.active = 'Y'
AND mtm.location = 'PCBA') src
ON (tgt.modelid_fk = src.modelid
AND tgt.ts_code = src.ts_code
AND tgt.configurationid_fk = src.configurationid
AND tgt.runningdate = :log_date
AND tgt.shift = 'Morning'
AND tgt.quantity_status = 'OK')
WHEN NOT MATCHED THEN
INSERT (tgt.modelid_fk, tgt.running_date, tgt.quantity_status, tgt.ts_code, tgt.shift, tgt.configuration_fk)
VALUES (src.modelid, :log_date, 'OK', src.ts_code, 'Morning', src.configurationid);
Esto hace la combinación que estabas reinventando con tus bucles, la vincula de nuevo a la tabla en la que intentas insertarla y solo inserta una fila si aún no existe en la tabla.
Necesitará escribir el código PHP para ejecutar esto, después de haber pasado log_date como una variable de vinculación.
Al vincular la variable, permite que la base de datos omita el análisis duro (es decir, encontrar la mejor manera de ejecutar la consulta), lo que ahorra tiempo.
Al no obtener datos y realizar un bucle manual antes de seleccionar más datos y averiguar si necesita hacer la inserción, se salta una gran cantidad de cambios de contexto y extracción/empuje de datos a través de la red. Deje que la base de datos haga el trabajo pesado; ¡es para lo que está diseñado!
