Adición de condiciones en la instrucción MERGE en Oracle SQL para INSERTAR/ACTUALIZAR

Simplemente puede agregar WHERE cláusula para UPDATE . Más información en Oracle docs.

Entonces, en su caso, debería verse así:

...
WHEN MATCHED
THEN
   UPDATE
   SET   tgt.column3= src.column3,
         tgt.column4 = src.coulmn4
   WHERE tgt.column3 IN (val1, val2) 
WHEN NOT MATCHED
...