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Ejecutando un script .sql usando MySQL con JDBC

Está bien. Puede usar esta clase aquí (publicada en pastebin debido a la longitud del archivo) en su proyecto. Pero recuerda conservar la información de la licencia de apache.

JDBC ScriptRunner

Es una estafa del iBatis ScriptRunner con las dependencias eliminadas.

Puedes usarlo así

Connection con = ....
ScriptRunner runner = new ScriptRunner(con, [booleanAutoCommit], [booleanStopOnerror]);
runner.runScript(new BufferedReader(new FileReader("test.sql")));

¡Eso es!