Doctrine 2 y tabla de enlaces de muchos a muchos con un campo adicional

Una asociación de muchos a muchos con valores adicionales no es una asociación de muchos a muchos, sino que es una nueva entidad, ya que ahora tiene un identificador (las dos relaciones con las entidades conectadas) y valores.

Esa es también la razón por la que las asociaciones de muchos a muchos son tan raras:tiendes a almacenar propiedades adicionales en ellas, como sorting , amount , etc.

Lo que probablemente necesite es algo como lo siguiente (hice ambas relaciones bidireccionales, considere hacer al menos una de ellas unidireccional):

Producto:

namespace Entity;

use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;

/** @ORM\Table(name="product") @ORM\Entity() */
class Product
{
    /** @ORM\Id() @ORM\Column(type="integer") */
    protected $id;

    /** ORM\Column(name="product_name", type="string", length=50, nullable=false) */
    protected $name;

    /** @ORM\OneToMany(targetEntity="Entity\Stock", mappedBy="product") */
    protected $stockProducts;
}

Tienda:

namespace Entity;

use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;

/** @ORM\Table(name="store") @ORM\Entity() */
class Store
{
    /** @ORM\Id() @ORM\Column(type="integer") */
    protected $id;

    /** ORM\Column(name="store_name", type="string", length=50, nullable=false) */
    protected $name;

    /** @ORM\OneToMany(targetEntity="Entity\Stock", mappedBy="store") */
    protected $stockProducts;
}

Existencias:

namespace Entity;

use Doctrine\ORM\Mapping as ORM;

/** @ORM\Table(name="stock") @ORM\Entity() */
class Stock
{
    /** ORM\Column(type="integer") */
    protected $amount;

    /** 
     * @ORM\Id()
     * @ORM\ManyToOne(targetEntity="Entity\Store", inversedBy="stockProducts") 
     * @ORM\JoinColumn(name="store_id", referencedColumnName="id", nullable=false) 
     */
    protected $store;

    /** 
     * @ORM\Id()
     * @ORM\ManyToOne(targetEntity="Entity\Product", inversedBy="stockProducts") 
     * @ORM\JoinColumn(name="product_id", referencedColumnName="id", nullable=false) 
     */
    protected $product;
}