Desde ahora no disponible archivo de Internet:
Vaya a Editar -> Preferencias -> Editor de SQL y establezca un valor más alto en este parámetro:Tiempo de espera de lectura de la conexión DBMS (en segundos). Por ejemplo:86400.
Cierre y vuelva a abrir MySQL Workbench. Elimine su consulta anterior que probablemente se esté ejecutando y vuelva a ejecutar la consulta.
