El ./configure El comando es parte del proceso de compilación desde el código fuente.
Puede compilar desde la fuente o instalar a través del administrador de paquetes. Supongo que en su caso es preferible el administrador de paquetes.
Como se queja el administrador de paquetes, no puede tener ambos php-mysql y php-mysqlnd instalado.
Entonces puedes
yum remove php-mysql
antes
yum install php-mysqlnd
Luego verifique el éxito a través de
php -m | grep mysqlnd
o
php -i | grep mysqlnd
