Gracias a @chooban descubrí que la sesión de conexión usaba latin1 en lugar de utf8. Aquí hay dos soluciones que encontré:
- Para RMySQL, después de conectarse ejecute la consulta
SET NAMES utf8
para cambiar el conjunto de caracteres de conexión. - Para RODBC, conéctese usando
CharSet=utf8
en la cadena DSN. No pude ejecutarSET NAMES
a través de ODBC.
Esta pregunta me señaló en la dirección correcta.