Arreglando brechas en la identificación de la fila de la tabla mysql después de que eliminemos algunas de ellas

Puedes pero ten cuidado de otras tablas usando esta clave principal como clave externa

SET @count = 0;
UPDATE table SET table.id = @count:= @count + 1;

esto actualizará el id columna de la tabla table ... luego necesita restablecer el auto_incremento:

ALTER TABLE table AUTO_INCREMENT = 1;

Esto restablece la siguiente identificación para que sea MAX(id)+1 de los docs :