Cómo encontrar duplicados en 2 columnas, no en 1

Debe configurar una clave compuesta entre los dos campos. Esto requerirá un stone_id y upcharge_title únicos para cada fila.

En cuanto a encontrar los duplicados existentes, intente esto:

select   stone_id,
         upcharge_title,
         count(*)
from     your_table
group by stone_id,
         upcharge_title
having   count(*) > 1