No hay necesidad de hacer
set CLASSPATH=%CLASSPATH%;JAVA_HOME\lib;
Simplemente agregue mysql-connector-java-5.1.22-bin.jar: a /WEB-INF/lib directorio.
Eclipse es lo suficientemente inteligente como para reconocer archivos .jar agregados en /WEB-INF/lib y debe incluirse en CLASSPATH.
Agregar una biblioteca usando "Add External Jar " también debería funcionar, pero no es la mejor práctica.
Colocando ".jar" dentro de /WEB-INF/lib también funcionará cuando implemente externamente su aplicación web usando .war