Demasiado tarde, pero espero que pueda ayudar a alguien.
Justo hoy caigo en una situación similar (pero en otro contexto, estaba tratando de crear entidades desde db).
Lo resolví simplemente modificando la base de datos_host de "localhost" a "127.0.0.1" en el archivo de parámetros.ini.
Creo que mi instancia de Mysql se ejecuta solo a través de TCP y no de socket y porque esto cuando usa database_host="localhost" falla.
