Es seguro aumentar el tamaño de su columna varchar. No corromperás tus datos.
Si ayuda a su tranquilidad, tenga en cuenta que siempre puede ejecutar una copia de seguridad de la base de datos antes de alterar sus estructuras de datos .
Por cierto, la sintaxis correcta es:
ALTER TABLE table_name MODIFY col_name VARCHAR(10000)
Además, si la columna anteriormente permitía/no permitía nulos, debe agregar la sintaxis adecuada al final de la declaración de modificación de la tabla, después del tipo de columna.