Puede emitir la siguiente consulta desde la línea de comando:
mysql -uUSER -p -e 'SHOW VARIABLES WHERE Variable_Name LIKE "%dir"'
Salida (en Linux):
+---------------------------+----------------------------+
| Variable_name | Value |
+---------------------------+----------------------------+
| basedir | /usr |
| character_sets_dir | /usr/share/mysql/charsets/ |
| datadir | /var/lib/mysql/ |
| innodb_data_home_dir | |
| innodb_log_group_home_dir | ./ |
| lc_messages_dir | /usr/share/mysql/ |
| plugin_dir | /usr/lib/mysql/plugin/ |
| slave_load_tmpdir | /tmp |
| tmpdir | /tmp |
+---------------------------+----------------------------+
Salida (en macOS Sierra):
+---------------------------+-----------------------------------------------------------+
| Variable_name | Value |
+---------------------------+-----------------------------------------------------------+
| basedir | /usr/local/mysql-5.7.17-macos10.12-x86_64/ |
| character_sets_dir | /usr/local/mysql-5.7.17-macos10.12-x86_64/share/charsets/ |
| datadir | /usr/local/mysql/data/ |
| innodb_data_home_dir | |
| innodb_log_group_home_dir | ./ |
| innodb_tmpdir | |
| lc_messages_dir | /usr/local/mysql-5.7.17-macos10.12-x86_64/share/ |
| plugin_dir | /usr/local/mysql/lib/plugin/ |
| slave_load_tmpdir | /var/folders/zz/zyxvpxvq6csfxvn_n000009800002_/T/ |
| tmpdir | /var/folders/zz/zyxvpxvq6csfxvn_n000009800002_/T/ |
+---------------------------+-----------------------------------------------------------+
O si solo desea usar el directorio de datos:
mysql -uUSER -p -e 'SHOW VARIABLES WHERE Variable_Name = "datadir"'
Estos comandos también funcionan en Windows, pero debe invertir las comillas simples y dobles .
Por cierto, al ejecutar which mysql en Linux como dijiste, no obtendrás la instalación directorio en Linux. Solo obtendrá la ruta binaria, que es /usr/bin en Linux, pero ve que la instalación de mysql está usando varias carpetas para almacenar archivos.
Si necesita el valor de datadir como salida, y solo eso, sin encabezados de columna, etc., pero no tiene un entorno GNU (awk|grep|sed...), use la siguiente línea de comando:
mysql -s -N -uUSER -p information_schema -e 'SELECT Variable_Value FROM GLOBAL_VARIABLES WHERE Variable_Name = "datadir"'
El comando seleccionará el valor solo del information_schema interno de mysql base de datos y deshabilita la salida tabular y los encabezados de columna.
Salida en Linux:
/var/lib/mysql
