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Bash:¿Cómo invocar el comando y almacenar el resultado en una variable?

Lo más probable es que desee utilizar el modo por lotes (-B) y deshabilitar los nombres de las columnas (--disable-column-names) para la salida mysql no interactiva:

out=$(mysql -B -db mydb -uanon -ppwd --disable-column-names  -e "select count(*) from table1";)