los usuarios seleccionados tienen más de un registro distinto en mysql

simplemente agregue la cláusula que tiene

SELECT userId, COUNT(DISTINCT webpageId) AS count 
FROM visits 
GROUP BY userId
HAVING COUNT(DISTINCT webpageId) > 1

pero si solo tienes el ID

SELECT userId
FROM visits 
GROUP BY userId
HAVING COUNT(DISTINCT webpageId) > 1

• Demostración de SQLFiddle

la razón por la que está filtrando en HAVING cláusula y no en WHERE es porque, WHERE la cláusula no puede admitir columnas que estaban agregadas .