Desafortunadamente, debe limpiar manualmente las migraciones fallidas para MySQL. MySQL no admite cambios en la definición de bases de datos transaccionales.
Rails 2.2 incluye migraciones transaccionales para PostgreSQL. Rails 2.3 incluye migraciones transaccionales para SQLite.
Esto realmente no te ayuda con tu problema en este momento, pero si tienes la opción de elegir una base de datos para proyectos futuros, te recomiendo usar una con soporte para DDL transaccional porque hace que las migraciones sean mucho más agradables.
Actualización:esto sigue siendo cierto en 2017, en Rails 4.2.7 y MySQL 5.7, informado por Alejandro Babio en otra respuesta aquí.
