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SaaS PHP multiusuario:¿separar bases de datos para cada cliente o agruparlas?

La opción 3 es la más escalable. Si bien al principio puede parecer más complicado, se puede automatizar por completo y te ahorrará dolores de cabeza en el futuro. También puede escalar de manera más eficiente si tiene bases de datos de clientes en varios servidores para aumentar el rendimiento.