Cambiar MsSqlConfiguration.MsSql2005 , a MySqlConfiguration.Standard , fue lo único que contribuí al proyecto.
Ejemplo:
Fluently.Configure().Database(
MySqlConfiguration.Standard.ConnectionString(
c => c.FromConnectionStringWithKey("ConnectionString")
)
)
.Mappings(m => m.FluentMappings.AddFromAssemblyOf<MyAutofacModule>())
.BuildSessionFactory())