También tuve que cambiar a PyMySQL. Estoy ejecutando pip 1.5.6, Python 2.7.8 y probé mysql-connector 2.0.1
Pude ejecutar la consulta desde Sequel Pro sin problemas, pero mi consulta de Python fallaba con el error descrito en la pregunta después de devolver solo un subconjunto de resultados.
Cambié a PyMySQL y las cosas funcionan como se esperaba.
https://github.com/PyMySQL/PyMySQL
En el entorno virtual:
pip install pymysql
En el código:
import pymysql
connection = pymysql.connect(user='x', passwd='x',
host='x',
database='x')
cursor = connection.cursor()
query = ("MYQUERY")
cursor.execute(query)
for item in cursor:
print item
Definitivamente un error en mysql-connector-python.