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¿Cuál es la mejor manera de conectar la aplicación de iPhone (iOS SDK) al backend de php/MySql?

Deberá crear un servicio web que expondrá un conjunto de API que luego utilizará la aplicación de su iPhone para enviar/retirar datos. Luego puede optar por almacenar en caché los datos localmente (en el iPhone) en una base de datos sqlite3. Los formatos de transferencia de datos más comunes son JSON y XML.