Este es un error de MySQL, no de Python.
La lista de posibles causas y posibles soluciones está aquí:MySQL 5.5 Manual de Referencia:C.5.2.9. El servidor MySQL ha desaparecido .
Las posibles causas incluyen:
En otras palabras, hay muchas causas posibles. Revise esa lista y verifique todas las causas posibles.
