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¿Cómo actualizar el conjunto de identificación desde 1?

Por supuesto que hay una manera:

set @counter = 0;
update table_name
set id  = (@counter := @counter + 1);

EDITAR

Para evitar problemas con claves duplicadas, puede ejecutar algo como esto antes para cambiar temporalmente las identificaciones actuales a equivalentes negativos:

update table_name
set id  = 0 - id;