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¿Archivo de configuración de Hibernate (.cfg.xml) para mapear varias tablas MySQL en la misma base de datos?

No debemos especificar asignaciones en el archivo cfg.xml. Tiene que hacerse mediante anotaciones o XML. Para anotaciones:el archivo cfg.xml que usted proporcionó se ve bien, si estamos usando las anotaciones para indicar asignaciones de bases de datos con clases de entidad.

Para usar la forma XML de mapeo entre Entidades y Tablas, se debe crear un archivo hbm.xml y, en ese caso, Reemplazar

<mapping class ="models.Category" />

con algo como

<mapping resource="models/Book.hbm.xml></mapping> 

y el archivo hbm.xml contiene la asignación necesaria de la siguiente manera. Por ejemplo:

   <hibernate-mapping>
    <class name="models.Book" table="Book" catalog="your database name">
        <id name="bookId" type="java.lang.Integer">
            <column name="BOOKID" />
            <generator class="identity" />
        </id>
        <property name="authorName" type="string">
            <column name="AUTHOR_NAME" length="10" not-null="true" unique="true" />
        </property>
    </class>//all the database mappings
</hibernate-mapping>

Lo siento, si entendí mal tu pregunta.