Dado que la única diferencia es si está configurando ur.end_Date en la fecha actual o en la fecha existente, ¿no podría simplemente usar lo siguiente:
UPDATE user p
JOIN user_roles ur
ON p.id = ur.user_id
SET
ur.end_date = IF (ur.end_date IS NULL, NOW(), ur.end_date),
p.end_date = NOW(),
p.reason = "Retired"
WHERE p.id = 5