El error se explica muy claramente en el mensaje de advertencia, está ignorando su my.cnf .
Intente ejecutar lo siguiente y luego reinicie el servidor
chown mysql:mysql /etc/mysql/my.cnf
chmod 600 /etc/mysql/my.cnf
Esto establecerá el propietario del archivo en mysql y los permisos 600 le dará solo al usuario mysql acceso para leer y escribir en el archivo, no permitirá el acceso a todos los demás usuarios.
