¿Cómo guardo correctamente los datos en la base de datos?

Si desea guardar nuevos datos, simplemente use Model::save() :

$data = array(
    'ModelName' => array(
        'foo' => $foo
    )
)

// prepare the model for adding a new entry
$this->ModelName->create();

// save the data
$this->ModelName->save($data);

Si desea actualizar sus datos, simplemente use el mismo método sin llamar a Model::create()

$data = array(
    'ModelName' => array(
        'id' => $id
        'foo' => $foo
    )
)

$this->ModelName->save($data);

Consulte también:http://book.cakephp.org/2.0/en/models/saving-your-data.html#model-save-array-data-null-boolean-validate- true-array-fieldlist-array

Editar:

Supongo que esto es lo que estás buscando:

$this->ModelName->id = $id;
if (!$this->ModelName->exists()) {
    $this->ModelName->create();
}

$this->ModelName->save($data);