ER_NOT_SUPPORTED_AUTH_MODE:el cliente no admite el protocolo de autenticación solicitado por el servidor; considere actualizar el cliente MySQL

Tenía el mismo problema.

Instale MySQL Workbench

Ejecute esta consulta:ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY '123456789'; en MySQL Workbench

Regrese a Node.js e intente ejecutar el archivo nuevamente. Debería funcionar, al menos lo hizo para mí.