Uso de un resultado de consulta en otra consulta

Consulte la primera consulta como una subconsulta en la segunda:

$query = "SELECT * from CatalogueItems WHERE itemID IN ";
$query .= "(" . $querystring . ")";

Esto es preferible a su enfoque actual, porque solo necesitamos hacer un único viaje a la base de datos.

Tenga en cuenta que idealmente debería usar declaraciones preparadas aquí. Así que su primera consulta podría verse así:

$stmt = $conn->prepare("SELECT itemID from mycart where email = ?");
$stmt->bind_param("s", $email);