confusión con la adición de 2 valores de tiempo

strtotime lo convierte en una marca de tiempo de Unix. NO representa seis horas. Representa las 6 a. m. de hoy. Deberías trabajar con segundos:

$duration = '06:00:00';
$duration_array = explode(':', $duration);

$length = ((int)$duration_array[0] * 3600) + ((int)$duration_array[1] * 60) + (int)$duration_array[2];
$target = $length + time();