Cree su propia clase de sesión heredando de Session y anula el delete() método con su propia lógica (para aquellas clases que requieren logical delete ), recurriendo a la implementación predeterminada para los otros objetos. Si usa sessionmaker
o una fábrica similar, puede proporcionar su clase en el class_ parámetro también.
Con suerte, esto responde a su pregunta. Pero, habiendo dicho/escrito eso, hay MUCHO MÁS a la eliminación lógica especialmente en términos de Referential Integrity , que uno puede escribir una serie de artículos sobre eso.