[mysql] se aplica al cliente de línea de comandos mysql - [mysql y opciones de cliente]
[cliente] se aplica a todos los clientes conectados (incluido mysql cli) - [opciones mysql y cliente]
[mysqld] se aplica al servidor mysql - [opciones del servidor]
[mysqldump] se aplica a la utilidad del mismo nombre - [opciones de mysqldump]
...etc
La diferencia entre el (-) y el (_) es el contexto en el que se usa.
(-) se usa en los parámetros de la línea de comandos, donde (_) se usa en los parámetros del archivo de opciones.
Puede ver más en los documentos:http://dev .mysql.com/doc/refman/5.5/en/option-files.html
