No puede combinarlos en un solo comando, pero puede ejecutar ambos comandos al mismo tiempo y enviarlos al mismo archivo.
mysqldump -u user -p --no-data db > structure.sql; mysqldump -u user -p db table1 table2 >> structure.sql
para evitar tener que ingresar la contraseña dos veces, puede hacer -ppassword (nota la falta de espacio!). También use --no-data en el primer comando o terminas con los datos también. -d no es necesario cuando estás haciendo solo una base de datos.
