campo separado por comas para comparar en mysql

Puede usar FIND_IN_SET :

SELECT seat
FROM sub_table AS t1
WHERE EXISTS (SELECT 1
              FROM main_table AS t2
              WHERE FIND_IN_SET(t1.seat_id, t2.seat_id) <> 0)

Sin embargo, sugeriría normalizar la tabla main_table , ya que siempre es una mala idea almacenar valores separados por comas en un solo campo como lo hace.

Demostración aquí