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Advertencia:mysql_real_escape_string():Acceso denegado para el usuario 'root'@'localhost' (con contraseña:NO) .../public_html/checklogin.php

El problema es que usas mysql_real_escape_string() función primero y luego se conecta:

$username = mysql_real_escape_string($_POST['username']);
$password = mysql_real_escape_string($_POST['password']);

mysql_connect("50.28.8.6", "root","") or die(mysql_error()); //Connect to server

La solución es conectarse primero y luego usar la función mysql_real_escape_string()

//Connect to server
mysql_connect("50.28.8.6", "root","") or die(mysql_error()); 
$username = mysql_real_escape_string($_POST['username']);
$password = mysql_real_escape_string($_POST['password']);

Esto se debe a que mysql_real_escape_string() requiere la conexión.