Seleccione los primeros N *grupos* usando mysql

Haga esto como una unión en su lugar:

SELECT T.*
FROM T join
     (SELECT DISTINCT COMPANY_ID
      FROM T
      ORDER BY 1 DESC
      LIMIT N
     ) TN
     on TN.COMPANY_ID = T.COMPANY_ID;

Las uniones explícitas a menudo funcionan mejor que in en el where cláusula.