Intente crear una consulta parametrizada
No soy un gurú de Hibernate, pero esto podría funcionar:
session.createSQLQuery("LOAD DATA INFILE :file INTO TABLE prod CHARACTER SET latin1 FIELDS TERMINATED BY ';' LINES TERMINATED BY '\n' IGNORE 1 LINES;")
.setString("file", "E:/uploaded/NumSerie/NS/NumSerie.txt")
.executeUpdate();