Obtenga datos de MySql y guárdelos en una matriz de Javascript

while($row= mysqli_fetch_assoc($dbcon,$result)){
    $data[] = array("lat"=>$row["geo_lat"], "lon"=>$row["geo_long"], "value"=>1);
}
echo json_encode($data);

debería conseguirte lo que buscas. cuando cree datos para json_encode, simplemente use tipos de php nativos en lugar de json, deje que json_encode se encargue de eso