Inserte y actualice los datos del archivo CSV en la tabla MySQL usando PHP

Utilice la siguiente consulta..

INSERT INTO table (primkey, col2, col3) VALUES(1, 2, 3) ON DUPLICATE KEY UPDATE    
col1=VALUES(1), col2=VALUES(2)

Su ejemplo.

Esto puede ayudarte

http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0 /es/reemplazar.html