Puede editar toda la cadena. .
Me refiero a simplemente usar la función str_replace
por ejemplo
$string = "skype,teamviwer,notepad";
$old_value = "skype";
$new_value = "facebook";
$new_string = str_replace($old_value,$new_value,$string);
Luego, simplemente actualice esta nueva cadena en la tabla de la base de datos. .
