Mysql Almacenamiento de una variable con el resultado de un SELECT CASE

Debe utilizar SELECT ... INTO

SELECT
...
INTO var_name [, var_name]]

en lugar de set para asignar el resultado de un SELECT a una variable. Así que esto debería hacerlo:

SELECT CASE 
WHEN @[email protected] THEN "emp"
WHEN @vgls>@lgls THEN "loc"
WHEN @vgls<@lgls THEN "vis" END
INTO @st;