mysql:recorrer las tablas y modificar el índice de adición de tabla

Olvídate de hacer bucles. Solo haz esto:

select concat( 'alter table ', a.table_name, ' add index `fields` (`field`);' )
from information_schema.tables a 
where a.table_name like 'table_prefix_%';

Luego tome el conjunto de resultados y ejecútelo como un script SQL.

Por cierto, probablemente te refieres a create index index_name on table_name( column_name);