El problema es el formato de sus datos json, que provienen de la matriz de salida $ (asociativa). ¡no quieres esos '"PER" en él! intenta reemplazar estas líneas de código:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e;
print(json_encode($output));
con estos:
while($e=mysql_fetch_assoc($q))
$output[]=$e["PER"];
print ('['.json_encode($output).']');
esto cambiará la salida de $ de una matriz asociativa a una matriz estándar de enteros.
y la línea de impresión agrega corchetes adicionales alrededor de los datos json, que requiere jqplot.
