Navicat puede hacer eso por usted. También sincronizará esquemas y/o datos entre dos instancias de bases de datos mysql. Lo he usado con éxito en el pasado.
http://www.navicat.com/en/products/navicat_mysql/mysql_overview .html
Hay una captura de pantalla de la herramienta de sincronización de datos y estructuras aquí:
http://www.navicat.com/en/products/navicat_mysql /mysql_detail_mac.html#7
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