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La actualización de la tabla completa de MySQL de 17,6 millones de filas (1,2 gb) es demasiado lenta

Ya que tienes varchar s en su tabla, la actualización debe leer la fila, buscar el desplazamiento correcto y luego actualizar el campo cip. Además, dado que las filas tienen un tamaño variable, el motor no puede determinar fácilmente las compensaciones de un solo registro. Por lo tanto, puede intentar cambiar su varchar campos a fijo char y prueba, si esto marca la diferencia.

Una respuesta interesante, que también cubre este tema, se encuentra en dba SE https://dba.stackexchange.com /a/2643