¿Cómo usar múltiples bases de datos usando php?

No necesita dos conexiones, si ambas bases de datos están ubicadas en el mismo servidor mysql y accede a ambas como un usuario único.

Tampoco necesita seleccionar una base de datos.
Simplemente use el nombre de la base de datos como prefijo al especificar las tablas:

<?php

mysql_connect("localhost","root","pass") or die(mysql_error());

$query = "SELECT * FROM asteriskcdrdb.cdr";
$result = mysql_query($query)or die(mysql_error());
var_dump($result);

$query2 = "SELECT * FROM pj8v2.tb_did_avalaible";
$result2 = mysql_query($query2)or die(mysql_error());
var_dump($result2);

?>

El problema real en su código es:solo puede haber una base de datos activa, debería funcionar de esta manera:

<?php

$conn1 = mysql_connect("localhost","root","passw0rd") or die(mysql_error());   
$conn2 = mysql_connect("localhost","root","passw0rd",true) or die(mysql_error());

mysql_select_db("asteriskcdrdb",$conn1);
$query = "SELECT * FROM cdr";
$result = mysql_query($query,$conn1);

var_dump($result);


mysql_select_db("pj8v2",$conn2);
$query2 = "SELECT * FROM tb_did_avalaible";
$result2 = mysql_query($query2,$conn2);

var_dump($result2);

?>

Aunque no hay necesidad de 2 conexiones, puede seleccionar ambos DB usando la misma conexión.